Koki Tsuyuzaki/露崎弘毅

学歴

2002/4 - 2005/3 千葉県立長生高等学校
2006/4 - 2010/3 東京理科大学 薬学部 生命創薬科学科
2010/4 - 2012/3 東京理科大学大学院 薬学研究科 薬科学専攻 修士課程
2012/4 - 2015/3 東京理科大学大学院 薬学研究科 薬科学専攻 博士後期課程

職歴

2014/4 - 2015/3 理化学研究所 大学院生リサーチ・アソシエイト (JRA)
2015/4 - 理化学研究所 特別研究員

研究成果

論文誌(査読付き)

  1. Koki Tsuyuzaki, Daisuke Tominaga, Kwon Yeondae, Satoru Miyazaki, Two-way AIC: detection of differentially expressed genes from large scale microarray meta-dataset. BMC Genomics, 14(Suppl 2):S9, (2013) Fulltext  PDF
  2. Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki, Itoshi Nikaido, MeSH ORA framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis. BMC Bioinformatics 16;45 (2015) Fulltext  PDF
  3. Gota Morota, Francisco Penagaricano, Jessica L Petersen, Daniel C Ciobanu, Koki Tsuyuzaki, Itoshi Nikaido, An application of MeSH enrichment analysis in livestock. Animal Genetics 46, 381–387 (2015) Fulltext  PDF

書籍

  1. 露崎弘毅、二階堂愛、「1細胞RNA-Seqデータ解析」、第2章 シングルセル解析の実際、シングルセル解析 実験ガイド(実験医学別冊、9月発売予定)
  2. 露崎弘毅、「Rの使い方」、Level1(準備編)、次世代シーケンサーDRY解析教本 (細胞工学別冊) amazon
  3. 露崎弘毅、二階堂愛、「R + biomaRt + reshape2 + ggplot2 + grid + entropy」、Level3(論文別・作図コマンド解説)、次世代シーケンサーDRY解析教本 (細胞工学別冊) amazon

国際会議

口頭発表

  1. Koki Tsuyuzaki, Daisuke Tominaga, Kwon Yeondae, Satoru Miyazaki, Two-way AIC: Detection of Differentially Expressed Genes from Large Scale Microarray Meta-Dataset. ISCB-ASIA 2012 (2012/12/17-19)

ポスター発表

  1. Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Manabu Ishii, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki, Itoshi Nikaido, MeSH ORA Framework : R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis. GIW/InCoB2015 (2015/9/9-11)

国内会議・シンポジウム

口頭発表

  1. 露崎弘毅 「文献注釈情報MeSHを利用した網羅的な遺伝子の機能アノテーションパッケージ」, 第38回 日本分子生物学会年会/第88回日本生化学会大会 (2015/12/1-4)
  2. 富永大介, 露崎弘毅 "Large-scale multi-omics data estimate a potential quorum sensing interaction with mucoid conversion in Pseudomonas aeruginosa", ゲノムビッグデータによるゲームチェンジ ─新しい創薬・ヘルスケアへの息吹─ (2014/11/7)
    website
  3. 尾崎遼, 露崎弘毅, 横山貴央, "Excelによる遺伝子名の誤変換-傾向と対策-", BioHack Competition, 生命医薬情報学連合会, (2013/10/29-31)
    GitHub
  4. 露崎弘毅, 二階堂愛, 師田郷太, 仲里猛 "MeSHRフレームワーク", BioHack Competition, 生命医薬情報学連合会, (2013/10/29-31)
    GitHub
  5. 露崎弘毅, 富永大介, 権娟大, 宮崎 智, "2way AIC: マイクロアレイデータに基づく発現量変動遺伝子の新手法", 第86回MPS・第27回BIO合同研究発表会(SIG-BIO), (2011/12/1-2)

ポスター発表

  1. Koki Tsuyuzaki, MeSH ORA : R/Bioconductor packages for performing MeSH over-representation analysis in model and non-model organism. 生命 医薬情報学連合大会2015年大会 (2015/10/29-31)
  2. Koki Tsuyuzaki, Itoshi Nikaido, Satoru Miyazaki, Meta-analysis of multiple RNA-seq Datasets. 生命 医薬情報学連合大会2013年大会 (2013/10/29-31)
  3. Koki Tsuyuzaki, Akimasa Seno, Tamotsu Sugawara, Tomonori Suzuki, Satoru Miyazaki, Elucidation of dynamics of Quorum Sensing of Pseudomonas aeruginosa. 情報計算化学生物学会(CBI)2010年大会, P9-06, (2010/9/15-17)

研究会、勉強会

口頭発表

  1. 第2回 ライフ&インフォ女子会
    「さらに複雑なグラフの作図、解析結果の共有、記録」
    (2016/4/27)
    GitHub
  2. WACODE 3rd
    「PCAの最終形態 GPLVMの解説」
    (2015/11/14)
    Slideshare
  3. WACODE 2nd
    「カーネル法を利用した異常波形検知」
    (2015/9/5)
    Slideshare
  4. WACODE
    「オミックスデータとオンラインアルゴリズム」
    (2015/7/10)
  5. 早稲田大学 浜田研究室講演会
    「大規模single-cell RNA-Seqデータ解析の現状と課題」
    (2015/8/26)
  6. 遺伝研研究会「塩基配列データアーカイブをフル活用するための大規模データ解析技術開発研究会」 (2014/6/26-27)
    Google Drive
  7. Epigenome Roadmap輪読会
    「Large-scale imputation of epigenomic datasets for systematic annotation of diverse human tissues」
    (2015/9/5)
  8. 第5回 生命情報若手の会
    「metaSeq: RNA-seqデータにおけるメタアナリシス解析パッケージ」(2014/2/17-19)
    Google Drive
  9. 第9回 Kashiwa.R 駒場回
    「metaSeq: RNA-seqデータにおけるメタアナリシス解析パッケージ」(2013/10/11)
    Slideshare
  10. 第8回 Kashiwa.R 生物系ラボ支援回
    「Rでシステムバイオロジー」(2013/6/7)
    Slideshare
  11. 第7回 Kashiwa.R 生物系ラボ支援回
    「DNAマイクロアレイの解析と多重検定補正」(2013/3/19)
    Google Site
    「遺伝子のアノテーション付加」(2013/3/19)
    Google Site
  12. 2013年度 第1回 W8F5合同ゼミ
    「RとSQLiteによるオミックス解析の促進」(2013/3/9)
    Slideshare  GitHub
  13. 第2回 Rでつなぐ次世代オミックス情報統合研究会(講師として参加)
    「RとSQLiteによるオミックス解析の促進」(2013/3/8)
    Slideshare  GitHub
  14. 第5回 Kashiwa.R
    「S3、S4、R5について」(2012/11/30)
    Script of bioinformatics
  15. 2012年度 第2回 W8F5合同ゼミ
    「DNAマイクロアレイにおけるメタ解析」 (2012/10/27)
    Slideshare
  16. 第4回 Kashiwa.R
    「RとSQLiteで気軽にデータベース作成」(2012/9/28)
    Slideshare
  17. ENCODE勉強会
    「ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia」(2012/9/29)
    Google Drive
  18. 第3回 Kashiwa.R
    「フェチデータ解析」(2012/5/18)
    Slideshare
  19. 2012年度 第1回 W8F5合同ゼミ
    「DNAマイクロアレイの内部構造の詳細及び既存の正規化手法のまとめ」(2012/4/28)
    Slideshare
  20. 第1回 Kashiwa.R
    「Rの高速化」(2011/11/11)
    Slideshare

ポスター発表

  1. 第5回 NGS現場の会
    「超大規模1細胞RNA-Seqデータ解析のためのオンライン型主成分分析法の開発」(2017/5/22-24)
  2. 第4回 NGS現場の会
    「大規模1細胞RNA-Seqからの異種細胞検出法の開発」(2015/7/1-3)
  3. 第1回 理研・産総研共同シンポジウム
    「大規模1細胞RNA-Seqからの異種細胞検出法の開発」(2015/6/29)
  4. 第5回 生命情報若手の会
    「metaSeq: RNA-seqデータにおけるメタアナリシス解析パッケージ」(2014/2/17-19)
    Google Drive
  5. 第3回 NGS現場の会
    「RNA-seqデータにおけるメタアナリシスの利用」(2013/9/4-5)
    Google Drive
  6. 第3回 NGS現場の会
    「緑膿菌Quorum Sensing機構に関わる遺伝子ネットワークのin silico解析」(2013/9/4-5)
    Google Drive
  7. 第2回 NGS現場の会
    「DNAマイクロアレイ解析とRNA-Seq解析の違い」(2012/5/23-24)
    Google Drive

ソフトウェア

Rパッケージ

  1. metaSeq
    RNA-seqデータでメタアナリシスを行うパッケージ(Bioconductor 2.13 - )
    Bioconductor   PDF
  2. MeSH.db
    MeSHの情報全般をRで扱えるようにするためのパッケージ(Bioconductor 2.14 - )
    Bioconductor   PDF
  3. MeSH.AOR.db
    MeSHの祖先-子孫関係の情報をRで扱えるようにするためのパッケージ(Bioconductor 2.14 - )
    Bioconductor   PDF
  4. MeSH.PCR.db
    MeSHの親子関係の情報をRで扱えるようにするためのパッケージ(Bioconductor 2.14 - )
    Bioconductor   PDF
  5. MeSH.XXX.eg.db型パッケージ(XXXは生物種の略語 e.g., Hsa: Homo sapiens
    89生物種でのMeSH Termと各生物種のNCBI Entrez Gene IDの対応表パッケージ(Bioconductor 2.14 - )
    Bioconductor   PDF
  6. MeSHDbi
    org.MeSH.XXX.dbパッケージをユーザーが自分で作れるようにするパッケージ(Bioconductor 2.14 - )
    Bioconductor   PDF
  7. meshr
    MeSHのエンリッチメント解析のためのパッケージ(Bioconductor 2.14 - )
    Bioconductor   PDF
  8. CCIPCA
    オンラインPCAの一つCCIPCAのR実装
    GitHub

その他

  1. Pubmed_small
    Pubmed(PMC版)XMLファイルのSQLiteファイル変換プログラム
    GitHub
  2. Pubmed_large
    Pubmed(NLMライセンス版)XMLファイルのSQLiteファイル変換プログラム
    GitHub

卒業論文

表彰

  1. 修士論文優秀賞: Two-way AIC: マイクロアレイデータに基づく発現量変動遺伝子検出の新手法

所属学会、研究会